A construção da atual Catedral de Nuestra Señora de la Santísima Encarnación começou em 1913 por iniciativa do padre José Kreusser e foi retomada com força entre 1928 e 1938, após uma interrupção em 1932 por falta de recursos. Os tijolos vieram de Areguá, de trem, quando a ferrovia ainda chegava até aquela região.

Em 1957, com a criação da Prelatura de Itapúa, o templo foi elevado a catedral. Fica no centro da cidade de Encarnación, capital do departamento de Itapúa, e é uma referência do circuito religioso local.